أسس أول مركز دراسي لجامعة القدس المفتوحة في جنين عام 1991م، وكان تابعاً لفرع نابلس. وفي العام الدراسي (1999/2000م) ونظراً للإقبال الشديد على الالتحاق بالجامعة، قرر مجلس الجامعة تحويل المركز إلى فرع مستقل ليخدم أكثر من (60) تجمعاً سكانياً في المحافظة، فجرى تأسيس الفرع الرئيسي في الجزء الشمالي من مدينة جنين، والمركز الدراسي في الجزء الجنوبي منها.

وفي العام (2013م) جرى دمج المركز الدراسي بالفرع الرئيسي ليصبحا فرعاً واحداً يقع وسط مدينة جنين، وبلغ عدد الطلبة المسجلين حوالي (5500) طالب وطالبة في العام الأكاديمي (2020/2021). ثم باشرت إدارة فرع جنين بإنشاء مبنى جامعي، وحصلت على تبرع بسبعة دونمات من أراضي بلدة قباطية، واشترت عشرة دونمات أخرى مجاورة لها. وأنهت المرحلة الأولى من البناء التي تمثلت ببناء المسرح والمبنى الإداري (عظم)، كما أنهت بناء المرحلة الثانية التي تمثلت ببناء جزء من المبنى الأكاديمي، ثم بدأت المرحلة الثالثة التي تتمثل بإنهاء المباني الأكاديمية (عظم) والتشطيبات للمبنى كاملاً.