يتشكل مجلس الأمناء بقرار من رئيس اللجنة التنفيذية لمنظمة التحرير الفلسطينية/ رئيس السلطة الوطنية الفلسطينية، من المواطنين الفلسطينيين ذوي الكفاءات والقدرات والخبرات التي تمكنهم من أداء دورهم والقيام بمسؤولياتهم في سبيل تحقيق أهداف الجامعة ورفعتها، حسبما ينص عليه النظام الأساس للجامعة.