يتألف مركز جفرا من ثلاث هيئات يشرف عليها نائب الرئيس للشؤون الأكاديمية، وهذه الهيئات هي:

1. الهيئة الاستشارية:
ومهمتها تتلخص فيما يأتي:

• التواصل مع المهتمين بالتراث الفلسطيني من مختلف التخصصات.
• تقديم مقترحات تسهم في تطوير المركز وأنشطته.
• تسهيل مهمة مدير المركز وأعضاء الهيئة التنفيذية للمركز.
• دعم أنشطة المركز التراثية.
• المشاركة في أنشطة المركز وفعالياته التراثية.

تتألف الهيئة من الأعضاء الآتية أسماؤهم:

2. الهيئة الإدارية:

يشرف عليها أ. د. يوسف ذياب، وتتألف من:

أ- مدير المركز ومجلس تنفيذي مساعد للمدير، ومهمة المدير تتلخص فيما يأتي:

• إعداد الخطط والبرامج الخاصة برؤية المركز وأهدافه.
• إقامة الفعاليات التراثية والأنشطة والندوات الهادفة والمعارض التراثية.
• التواصل مع المجتمع المحلي من أدباء وشعراء شعبيين وفنانين وأعضاء شرف من مهتمين وباحثين وما يتصل بها من دعوات وعضويات.
• جمع ما أمكن من التراث الشعبي الفلسطيني المادي والقولي.
• إصدار المنشورات والكتب المتصلة بالتراث الشعبي الفلسطيني.

ب- المجلس التنفيذي، ويختاره المدير مع المشرف العام، وتكون مدته سنتين، ثم يُجدد أعضاؤه. ومهمته مساعدة مدير المركز في تنفيذ الخطط والبرامج وعقد الفعاليات والأنشطة، والتواصل مع المجتمع المحلي، وجمع أدوات التراث القولية والمادية وحضور الاجتماعات. ويكون عدد أعضائه عشرة أعضاء، خمسة من موظفي الجامعة وخمسة من المجتمع المحلي، وهم:  

ج-هيئة الشرف: وتتألف من أعضاء مهتمين بتراثنا الشعبي الفلسطيني، سواءً بالمهنة أو البحث أو الموهبة، من المواطنين الفلسطينيين، سواء هنا في الضفة الغربية وقطاع غزة، أم داخل فلسطين المحتلة عام 1948م، أم في الشتات من الجاليات الفلسطينية خارج الوطن. ومهمة أعضاء الشرف هنا هو حضور الاجتماعات والفعاليات التي يعقدها المركز، وتقديم المقترحات التي من شأنها أن تسهم في تطوير المركز وإثراء دوره المجتمعي، والإسهام في دعم المركز في أهدافه وأنشطته.

3-متحف جفرا التراثي، ويخطط في المستقبل أن يشتمل على:

1-قسم التراث الشعبي المادي، ويضم أدوات تراثية تتصل بالطعام والشراب والزراعة والحصاد والبناء والزينة وغير ذلك.

2-قسم مكتبة أرشيف التراث ويشتمل على:

• كتب تراثية كالحكايات والسير والأساطير الشعبية.
• كتب اللهجات والأمثال الشعبية.
• كتب الغناء كالدواوين الشعرية الشعبية.
• قسم الصور واللوحات التراثية.
• القسم التراثي الوطني.