بدأ التفكير في إنشاء الجامعة عام 1975 انطلاقاً من احتياجات الشعب الفلسطيني للتعليم العالي في ظل ظروفه السكانية والاجتماعية والاقتصادية تحت الاحتلال الإسرائيلي. وبطلب من منظمة التحرير الفلسطينية، قامت منظمة اليونسكو بإعداد دراسة الجدوى لمشروع الجامعة والتي استكملت عام 1980 وأقرها المؤتمر العام لليونسكو.

هيكلية الجامعة